Klub bol založený v roku 1878 ako St. Domingos FC. Svoj názov Everton FC získal dva roky potom.
Svoj prvý ligový titul získal Everton v sezóne 1890/1891. Ďalší úspech, ktorým bol zisk FA Cupu, prišiel v roku 1906.
Everton sa vrátil do popredia po angažovaní útočníka Dixieho Deana, ktorý je považovaný za jedného z najlepších strelcov, ktorí kedy v Anglicku nastupovali. Dodnes drží rekord v počte vstrelených gólov za sezónu, ktorý činí 60 zásahov v 39 zápasoch. Za jeho obdobie vyhral Everton 3x First Division, 2x Charity Shield a FA Cup.
2. svetová vojna bohužiaľ zastavila Everton, ktorý sa po vone nedokázal vrátit späť do víťaznej formy.
V 60. rokoch sa Everton opäť pozdvihol, keď do svojich služieb angažoval Harryho Cattericka. Pod jeho vedením "The Toffies" dokázali 2x vyhrať First Division, 2x Charity Shield a FA Cup.
80. roky započali ďalšiu slávnu éru Evertonu. Manažér Howard Kendall tím pozdvihol a vyhral prvý "double" a Pohár víťazov pohárov. Očakávalo sa, že "The Toffies" budú aj naďalej vyhrávať trofeje ako na ostrovoch, tak aj na európskej pôde. Bohužiaľ kvôli incidentu na štadióne Heysel z roku 1985 sa tak nestalo, pretože anglické tímy mali na 5 rokov zákaz hrania v európskych pohároch.
Do príchodu Davida Moyesa v roku 2002 bol Everton veľmi podpriemerným tímom, ktorý končil v druhej polovici tabuľky. V tomto istom roku sa taktiež objavil Wayne Rooney a tímu sa začalo dariť viac a viac. Sezóna 2003/2004 bola síce veľkým neúspechom, keď Everton skončil jednu priečku od zostupu a predal Rooneyho, ale hneď ďalší rok na to získali "The Toffies" senzačné 4. miesto, čo bol najlepší výsledok za posledných 20 rokov. Od tej doby Everton pravidelne končí v hornej polovici tabuľky a bojuje o postup do Európskych pohárov.
Za Everton nastupovali hráči ako Dixie Dean, Tommy Lawton, Bobby Collins, Howard Kendall, Neville Southall, Kevin Ratcliffe, Alan Ball, Gary Lineker, Wayne Rooney, Paul Gascoigne, Tim Howard, Leighton Baines, Tim Cahill, Phil Jagielka alebo Gareth Barry.
